A Kutatócsoport feladata a balatoni zooplankton állomány összetételének, mennyiségi viszonyainak, térbeli heterogenitásának és szezonális dinamikájának vizsgálata, monitorozása. A zooplankton a vízben lebegő, mikroszkopikus méretű állati szervezetek összessége, amely anyag- és energiaforgalmi hidat képez a táplálékhálózat alacsonyabb (algák, baktériumok) és magasabb (halak) szintjei között. Valamennyi balatoni hal ivadékának alapvető tápláléka, de több halfaj kifejlett korban is fogyasztja. A szűrő táplálkozású zooplankton képes kontroll alatt tartani a lebegő algák mennyiségét, ezért fontos hatással lehet a vízminőség alakulására.
A Kutatócsoporthoz tartozik a BLKI területén kialakított mezokozmosz rendszer, melyet 12 darab kültéri tartály alkot (mezokozmosz: a természetben zajló folyamatok kontrollált körülmények között történő megfigyelésére alkalmas kísérleti berendezés). A közel öt köbméter térfogatú tartályokban szabályozható a vízhőmérséklet, a tápanyag viszonyok, a vízáramlás sebessége, a vizet érő fényintenzitás, illetve a kísérletek jellegétől függően egyéb tényezők is. A tartályokba telepített szenzorok folyamatosan mérik a legfontosabb fizikai paramétereket a vízben (pl. beérkező fény, vízhőmérséklet, pH, oldott oxigén, stb.). A mezokozmosz tartályok feltölthetők szűretlen Balaton-vízzel (közvetlenül a tóból beszivattyúzva), vagy három fázisban szűrt (kavics-, homok- és UV-szűrt) Balaton-vízzel. A rendszer segítségével a kutatók olyan ökológiai jelenségeket vizsgálhatnak/modellezhetnek szabályozott körülmények között, mint például a globális klímaváltozás vízi élőlényközösségekre gyakorolt hatása, vagy az algásodást előidéző környezeti tényezők.
